应该说，我国政府对水资源安全问题早已高度关注，各方面都在尽力，各学科都在攻关。目前我国已颁布新水法，南北北调工程也已正式启动，三峡工程和长江堤防工程的防洪功能已经显现，农村饮水解困、大型灌区节水改造、病险水库整治、水土保持等工作也已取得一定成效。但与此同时，我们还应该清醒地看到，实施新水法，由于执法主体未能明确，短期内还很难有效实施流域管理；南北北调也未能实施真正的业主企业化运作；三林、土地、湖泊的产权制度还欠科学，难以产生持久的、有效地水土保持效益；许多先进节水技术在工农业生产中难以推广普及，生活节水也难以成为人们自觉的行为。究其原因，有教育问题、管理问题、技术问题、财政问题，但根本性障碍还是制度障碍。
（1）制度障碍使得政府缺位造成水资源产权模糊。
（2）制度障碍使得市场缺失造成水资源滥用。
（3）制度障碍使得计划失效造成水资源配置混乱。
因此，保障我国水资源安全的根本出路在于制度创新。设计水资源安全性制度的基本思路是如何将其正、负外部性“内部化”，避免“公水悲剧”。因此，保障水资源安全必须依靠复杂、混合的制度安排。既不能简单市场化，也不能简称统一管理；既需要计划，也需要市场；既需要地方民主参与，也需要有中央权威；流域整体上需要集权和统一管理，在基层又需要分权和自治管理；必须构建一个若干制度子系统相互配套的制度保障体系。
一、 构建政府机制、市场机制与社会机制的三足鼎立的制度机构
从对水资源问题的制度根源分析可见，市场机制与政府干预不能简单地做出非此即彼的选择。市场机制与政府干预都存在一定的有效区域与失灵区域。在市场机制与政府干预一个有效、一个无效的时候，要保证在“市场有效、政府无效”的领域发挥市场机制的作用，政府退出该领域；在“政府有效、市场无效”的领域，要加强政府管理，有效行使政府职能。在“市场失灵”与“政府失灵”时，可能可以通过市场机制与政府机制的结合寻求出路，也可能需要需求新的制度安排—社会机制的创新。大量实施表明，水资源的保护、开发与利用，光靠政府是不够的，光靠市场也是不够的，光靠政府与市场还是不够，必须依靠社会各界的广泛参与，构建起社会机制。因此，水资源安全保障体系的构建，要努力形成三足鼎立的制度结构。
二、 构建水权制度
水权制度体系涵盖了水资源产权制度、配水制度、水权水市场制度、水价制度等一系列由水权问题衍生的制度。水资源产权制度是水资源制度体系中的核心制度。具体来说就是要将水资源资产化，将资产产权比，建立起水资源产权明晰、政资分开、权责明确、流转顺畅的水资源产权制度。
首先要界定初始水权和收益权，要根据水资源特点将水资源所有权、使用权、经营权、配置权、收益权分设；然后根据大流域、小流域、江、河、湖、库、沟渠、塘堰等特点分设多级产权；最后形成流转顺畅的可交易产权的水权。通过产权安排将外部性问题内在化，确定用水的权利和义务。有恒产者有恒心。
配水制度是直接涉及各方面的十分复杂的系统工程，要在一定的前提下，遵循一定的方法和原则分配。政府配水要体现公开、公正、民众参与、民众监督的原则，应设立专家委员会、评价委员会和由政府相关部门组成的水资源委员会。重大的水资源配置决策要通过相应一级的人大常委会。市场机制配水要体现竞争、有序、效率优先原则。政府配水也要充分运用市场手段，要因地、因时、因事制宜，要出台相应法规，确定配水轻重缓急优先顺序。
水资源市场制度就是要既建立水资源的全国统一市场和区域、流域市场，又要建立水资源的一级市场（初始）和二级市场，还要建立清洁水市场和污水市场以及资本市场、其他要素市场联姻的互动的水资源。市场的作用集中体现在市场价格信号上，水价应是灵活、多样的。根据水的不同商品属性，根据供求关系，根据可持续原则确定价格类别。市场定价，随行就市，政府定价应召开听证会。清水和污水分开设立分类价。实施用水阶梯价（递增）、时段价、错峰错时价和调节价。用水价导向来引导产业结构调整，限制高耗水的小水泥厂、小钢铁厂、小化工厂；引导农业结构调整，限制洗浴洗车等耗水企业发展。
三、 加强水资源的统一管理
我国传统的水资源管理体制将城市与农村、地表水与地下水、水量与水质等进行分割管理，导致一些城市和地区管水源的不管供水、管供水的不管排水、管排水的不管治污、管治污的不管回用，以及在流域内上游用水不管下游、左右岸不衔接，更不用说实现跨流域调水的有机协调和统筹配置了，这种在流域管理上“条块分割”、在区域管理上“城乡分割”、在功能管理上“部门分割”、在依法管理上“政出多门”的水资源管理体制使水资源的循环规律和完整性被人为地隔离，各种水资源难以优化配置，各类用水难以统筹规划，取水、用水状况无法有效监控，不同水管理机构的职能相互交叉重叠，如除水行政主管部门外，城建、环保、渔业、交通和旅游等部门，都从各自管理的单一目标出发介入水的管理，不可避免地存在各部门争取各自利益最大化的短视行为，从而引发在开发、利用、保护水资源上的无序竞争，不能实现水资源的综合效益，各部门在自己分管的范围内均以自己为管理的主体各自为政，制定各类法规和规章，造成管理职能相互延伸交叉、政令相互抵触，导致事实上的有法难依。
因此，要建立水资源统一管理的体制，加强水资源的统一管理与综合管理，实现水务一体化管理，水务一体化是先进生产力发展的要求，是水资源安全保障的保证。
四、 建立水价调节机制，遏止过度用水需求
水价是调节水资源供求关系的经济杠杆，是反映水资源稀缺程度的市场信号，是合理配置水资源的“看不见的手”。但由于长期以来水价偏低，致使总需求大于总供给的局面迟迟难以扭转，水资源难以实现优化配置，供求失衡。因此，必须建立健全水价格调整机制，建立水资源市场，实现水资源市场化管理，实行“使用者付费”的经济原则，利用经济手段和市场刺激，使其成为法律手段的重要补充，充分发挥市场机制在水资源配置中的作用，加快水价改革，确保政府在市场和价格政策扭曲中起调控作用。
五、 建立水资源监管机制
有关水资源的开发利用和管理必须建立有效的、独立于政府的、公开的、可信的监管机制，它包括完备的法律制度和科学的信息系统。现行涉水法律还很不完备，执法主体不明，且带有浓厚部门利益倾向。涉水法律应体现各级人大在涉水重大决策、配水重大项目上的监管权威。涉及水权、水市场、水管理、水分配、水价格和水中介都应有完备的相应的立法保障。同时，还要利用先进的科技手段，建立多维的、统一的、覆盖全社会的水资源信息系统等。
