大量的无机、有机污染物进入水体，不仅破坏水生生态系统，而且危害到人体健康，造成水质性缺水，使工农业生产、生活受到影响。水污染的主要危害如下。
（1） 危害人体健康
被污染的水体中含有农药、多氯联苯、多环芳烃、酚、多种重金属、氰、放射性元素、致病细菌等有害物质，它们具有很强的毒性，有的是致癌物质。这些物质可以通过饮用水和食物链等途径进入人体，并在人体内积累，造成危害，甚至可能通过遗传殃及后代。
（2） 造成水体富营养化
当含有大量氮、磷等植物营养物质的生物污水、农田排水进入湖泊、水库、河流等缓流水体时，造成水中营养物质过剩，可发生富营养化现象，导致藻类大量繁殖，水的透明度降低，失去观赏价值。同时，由于藻类繁殖迅速，生长周期短，在短时间内大量死亡并被好氧微生物分解，消耗水中的溶解氧，使鱼类和其他水生生物因缺氧而大量死亡。死亡的藻类也可被厌氧微生物分解，产生硫化氢等有害物质。
（3） 破坏水环境生态平衡
良好的水体内，各类水生生物之间及水生生物与其生存环境之间保持着既相互依存又相互制约的密切关系，处于良好的生态平衡状态。当水体受到污染时，水环境条件产生改变，由于不同的水生生物对环境的要求和适应能力不同而产生不同的反应，将导致种群发生变化，从而破坏水环境的生态平衡。
（4） 其他影响
水污染还直接影响工农业生产。一些工厂因水质污染引起产品质量下降甚至停产，造成经济损失；水产品和农作物因水体污染而减产或无法食用，给渔业和农业生产带来很大损失。水体污染还破坏了宝贵的水资源，使本来就十分紧张的水资源更加短缺。
