五种主要的致病微生物是细菌、病毒、立克次体、原生动物和真菌。主要来源于生物污水以及医院排放的污水。
污水的消毒处理方法大致可分为物理法和化学法物理法包括辐照法、紫外线法、超声波法、加热法、冰冻法等；化学法包括氯化法、二氧化氯法、臭氧法、阳离子表面活性剂法等。较常用的有氯消毒法、二氧化氯消毒法、臭氧消毒法、紫外线法等。
（1）氯消毒法
污水氯消毒的原理主要是依靠消毒剂次氯酸盐（如NaC1O）水解后产生的次氯酸（HC1O），氯消毒机制是次氯酸对细菌内酶功能的破坏而导致细菌死亡。氯对致病微生物有很强的灭活作用，而因被广泛用于许多污水处理厂。氯消毒常用的有液氯法和次氯酸钠法。
（2）二氧化氯消毒法
二氧化氯与氯消毒的特性不同，它的杀菌机制主要是二氧化氯分子渗入细胞内，将核酸（DNA或RNA）氧化，以快速抑制微生物蛋白质的合成来破坏微生物的生存。二氧化氯是被世界卫生组织（WHO）确认的一种高效强力杀菌剂，是国际上公认的氯系列消毒最理想的更新替代产品，其有效氯是氯气的2.63倍，杀菌能力是氯气的5倍，是次氯酸钠的50倍，而且不生成有害副产物。
（3）臭氧消毒法
臭氧是一种极强的氧化剂，杀菌效果好，接触时间短。氯的杀菌作用是渐进的，而臭氧的灭菌作用是快速、瞬间的。另外，臭氧不仅完全不产生氯消毒易形成的三卤甲烷，还能有效地降解和消除污水中的色、臭、味、酚、氰等污染物，除臭脱色效果好，使水中溶解氧增加。
（4）紫外线法
紫外线（UA）具有广谱杀菌性，能够有效地杀灭各种致病菌、细菌和原生动物，紫外线（UA）消毒利用紫外线所具有的高效广谱杀灭能力，能有效灭活水中大多数病原体，其作为一种物理消毒方法，无毒性、蓄积毒性和腐蚀作用，消毒后的水对人体和水生物无害。
