无论好氧微生物细胞还是厌氧微生物细胞，其主要组成物质都是C、H、O、N、P等元素，另外还有S、K、Mg等无机元素。其中N是构成微生物体的重要元素，可占菌体干重的10%，菌体蛋白质、核酸等分子中都有N元素。氨态氮比较容易被细菌利用，因此在生物法处理缺氮废水时，可以向水中投加尿素、硫酸铵农用化肥。P、S是细菌核酸的重要组分，可占菌体干重的1%~2%，S还是污泥中自养型硫细菌的能源，无机元素是某些细菌生理活动所必需的。
工业废水的生物处理过程中，C、H、O三种元素都不缺乏，大多微量元素因微生物需要量很少，一般也不缺乏。但由于种种原因，尤其是工业废水中，往往会出现N、P、S及某些微量元素比例过低或缺少而影响生物处理效果的现象，只有设法保持进水中N、P和一些无机盐的含量适中，才能保证微生物的活性，进而确保生物处理效果。
