物化处理不仅可作为制药工业废水的单独处理工序，而且还可作为生物处理工序的预处理或后处理工序。在制药工业废水处理中采用的物化法有很多，因不同的制药废水而不同。
（1）凝聚法
对于像小诺霉素等抗生素废水，从发酵工序过程可知，COD和TOC的绝大部分是培养基成分，这些成分主要以胶体形态存在，加入硫酸亚铁等凝聚剂后，可以使体系中存在三价铁，从而改善絮体的沉降性能，激活废水中降解微生物某些酶的活性。
在制药工业废水处理中常用的凝聚剂有：聚合硫酸铁、氯化铁、亚铁盐、聚合氯化铝、聚合氯化硫酸铝铁、聚丙烯酰胺（PAM）等。
（2）气浮法
气浮法通常包括充气气浮、溶气气浮、化学气浮和电解气浮等多种形式。化学气浮适用于悬浮物含量较高的废水的预处理，具有投资少、能耗低、工艺简单、维修方便等优点，但不能有效地去除废液中可溶性有机物，尚需用其他方法作进一步的处理。
在制药工业废水处理中，如庆大霉素、土霉素、麦迪霉素等废水的处理，常采用化学气浮法。
（3）吸附法
吸附法是指利用多孔性固体吸附废水中某种或几种污染物，以回收或去除污染物，从而使废水得到净化的方法。常用的吸附剂有粉末活性炭、煤质柱状活性炭、人造浮石、腐殖酸（钠）、高岭土、漂白土、硅藻土、皂土等。在制药工业废水处理中，常用煤灰或活性炭吸附预处理生产中成药等产生的废水。
（4）反渗透法
反渗透法是利用半透膜将浓、稀溶液隔开，以压力差作为推动力，施加超过溶液渗透压的压力，使其改变自然渗透方向，将浓溶液中的水压渗到稀溶液一侧，可实现废水浓缩和净化目的。如采用反渗透法处理新诺明生产废水。
（5）吹脱法
当氨氮浓度大大超过微生物允许的浓度时，在采用生物处理过程中，微生物受到NH3-N的抑制作用，难以取得良好的处理效果。吹氨脱氮往往是废水处理效果好坏的关键。在制药工业废水处理中，常用吹脱法来降低氨氮含量，如乙胺碘吠酮废水的吹氨脱氮。
