防止冷却水系统结垢，一般采用如下几种方法。
（1）补加水的处理
根据所选的处理方案及浓缩倍数的要求，首先将原水经过严格的预处理，去除水中悬浮物等不溶性杂质，必要时还应把补充水软化到一定程度，控制好水中钙离子及悬浮杂质的含量。
（2）在循环水中加酸或加二氧化碳
碳酸钙结垢是循环水系统中最常见的问题，也是认识最早的问题。因此，在过去循环水水质不太复杂，控制要求不太严格的情况下，常以加酸或加二氧化碳的方法防止碳酸钙结垢。
（3）使用阻垢剂
凡能控制产生泥垢或水垢的药剂称为阻垢剂，使用阻垢剂可以破坏CaCO3等盐类结晶增长的过程，达到控制水垢形成的目的。早期采用的是天然阻垢剂，近年来采用的阻垢剂有合成聚合物、无机聚合物、磷酸酯、磷羧酸等。
（4）增设旁流设备
即使在水质处理较好，补充水的蚀度也较低的情况下，循环水系统中蚀度仍会不断增加，从而加重污垢的形成。可在系统中增设旁流设备，控制旁流量以及进、出旁流设备水的蚀度，就可保证系统在长时间运行时，蚀度维持在控制的指标范围内，以减少污垢的形成。
（5）软化
通过添加石灰或石灰苏打法和离子交换法可以消除或降低水的硬度（钙、镁离子）。离子交换软化法一般用钠型阳离子交换树脂与水中钙、镁离子进行交换。
