工业冷却水中微生物的控制方法如下。
（1）控制水质
油类是微生物的养料，故应尽可能防止其进入冷却水系统。
（2）采用杀生涂料
用由改性水玻璃、氧化亚铜、氧化锌和填料等制成的无机防藻涂料涂刷在冷却塔和水池的内壁上，不但可以控制冷却水系统中冷却塔、水池内壁等处藻类的生长，也可抑制冷却水中异氧菌的生长。
（3）清洗
进行物理清洗或化学清洗，将冷却水系统中微生物生长的养料、微生物生长环境黏泥和保护层以及微生物本身从冷却水系统中除去。
（4）防止阳光照射
藻类的生长和繁殖需要阳光，可以在水池上加盖，对冷却塔进风口加装百叶窗。
（5）旁流过滤
在循环冷却水系统中，设计安装用沙子或无烟煤等为滤料的旁滤池过滤冷却水是一种控制微生物生长的有效措施。
（6）混凝沉淀
在补充水的前处理或循环冷却水的旁流处理过程中，经常使用铝盐、铁盐的混凝剂或高分子絮凝剂（如聚丙烯酰胺）。这些药剂能在絮凝沉淀过程中将水中的各种微生物随生成的絮凝体沉淀下来，从而将其除去。
（7）噬菌体法
利用能够吃掉细菌的微生物—噬菌体将细菌消灭，是防止和消除冷却水系统中生物黏泥的一种生物方法。它对防止电站的海水冷却水系统及造纸厂的工业水系统中黏泥的形成非常有效。
（8）添加杀生剂
控制冷却水系统中微生物生长和腐蚀最有效的方法之一是向冷却水系统中添加杀生剂。氧化性杀生剂有氯气、液氯（漂水）、固氯、二溴化钠和次氯酸钠等。非氧化性杀虫剂有双氯酚类、胺和铵的化合物、有机硫化合物、有机溴化合物、醛类化合物、有机金属化合物等。
此外，通过提高循环冷却水的浓缩倍数（循环水中总溶解盐类与补充水总溶解盐类质量之比，也可以达到控制工业冷却水中微生物的目的。
