循环水中的微生物大致有四类：藻类、细菌、真菌、原生动物。常见的微生物有水绵、丝藻、铁锈菌属、鞭毛虫、肉足虫、轮虫等。根据微生物生长条件的不同，可以采取不同的方法控制冷却水中微生物的生长繁殖。
（1）防止阳光照射
藻类生长繁殖与植物一样，需要日光照射才能进行光合作用。如能遮避阳光，藻类生长就能得到控制。对于小型的水池可以进行简单的覆盖，大型水池可以加盖混凝土盖板或黑色金属板等。以遮避阳光，同时又能阻止大气中的杂物进入水中。
（2）对循环水进行处理，改善水质
一般采用混凝沉淀及过滤方法，这种方法在去除循环水中悬浮物的同时还可以除去部分浮游生物和细菌。
（3）控制水中微生物的营养源
微生物生长需要的营养物质为水分、碳源物质、氮源物质以及某些无机盐和微量元素。因此应严格控制水中的C、N等物质，这样才能有效地控制微生物在水中的生长繁殖。
（4）投加杀菌剂
杀菌剂氧化性杀菌剂和非氧化性杀菌剂。氧化性杀菌剂有氯气、二氧化氯、臭氧等。氯气杀菌力强、价格便宜，但有一定的危险性。臭氧有着其他杀菌剂不具备的优点。在国外作为循环冷却水中微生物的杀菌剂被广泛的应用。
①不会形成有机氯化合物，具有很强的氧化作用。
②臭氧可以从不同的部位加入到循环水中，如可以加入到冷却塔中或循环水泵的出口。
③臭氧对循环冷却系统的管道和设备没有任何不利影响。
④使用臭氧可以改善循环水中生物性沉积物的生成，使水变得澄清，而且还可以去除有机物和微生物的沉积。
